Ime Bošnjak izvedeno je iz korijena imena rijeke i političko-državnog područja Bosna, a taj naziv što je i povijesno dokazano, jest slavenizirani oblik imena, nastao od starog ilirskog naziva, a u rimskim i grčkim povijesnim dokumentima, ovaj naziv je: Bathinus i Basan.
I jedan i drugi naziv, odnose se na rijeku Bosnu ili u latinskom jeziku, Bathinus flumen, dok drugi naziv u raznim povijesnim dokumentima, poznajemo u padežu ablativu ab Basante, latinski nominativ za rijeku Bosnu je Basan. Ilirskom jezik, iako mi ne znamo, kakvo su pismo upotrebljavali Iliri, poznaje samo ime Bathinus, koje se po svoj prilici čita kao Basinus, pa bi to onda bio latinizirani oblik imena Basan. Smatra se, na temelju mnogih povijesnih dokumenata, da su Slaveni, koji su se doselili na ovo područje, nazvali ga Bosna. Bošnjanin, kao izvorno ime, označavao je u prvo vrijeme, stanovnika koji je živio na teritoriju srednjovjekovne Bosne.
Prvi put je riječ Bošnjak upotrijebljena oko 1440. godine, kada je bosanski kralj Tvrtko II., poslao jedno državno izaslanstvo u Ugarsku, da čestitaju na izboru za kralja Ugarske i Hrvatske, poljskom kralju Vladislavu. Za vrijeme trajanja Srednjovjekovne bosanske države, Bošnjaci ili Bošnjani, bili su heretici, patareni ili krestjani, te nisu bili pripadnici katoličke i pravoslavne crkve, niti su je priznavali. Bili su nemilosrdno proganjani, posebice od rimskog pape, koji je organizirao nekoliko križarskih pohoda, odnosno pravih ratova protiv bosanskih heretika, odnosno Bošnjaka/Bošnjana 1235., 1238., i 1358. godine, s ciljem njihova potpunog uništenja, a oni su čak imali i svoju posebnu crkvenu organizaciju i hijerarhiju.
Nasilni i česti pritisci na njih, te prelazak heretičkih Bošnjaka/Bošnjana, odnosno patarena ili krestjana na katoličanstvo i pravoslavlje, svakim danom postaje sve masovnije i brže.
S propašću Srednjovjekovne bosanske države 1464. godine i dolaskom Osmanlija te ustrojstvom Bosanskog pašaluka, sve više dolazi do masovnije islamizacije i prelaska Bošnjaka/Bošnjana na Islam. U vrijeme Osmanlija, riječ Bošnjanin, kao srednjovjekovna bosanska, zamjenjuje se sve više, riječju Bošnjak, koji su predstavljali potomke srednjovjekovnih Bošnjanina-Bošnjana. Pojam Bošnjak (od Bošnjanin), danas etnonim, nekad je imao „šire“ značenje od današnjeg, koje se odnosi samo na jednu etničku grupu u Bosni i Hecegovini. Taj pojam je bio mnogo „širi“ i odnosio se na različite religijske grupe: krestjane ili patarene, katolike, muslimane i pravoslavce. Ako ostavimo po strani krive navode upotrebe pojmova "Turčin" i "Tursko Carstvo", koji se u znanosti već polako napuštaju, kao neadekvatni termini za Osmanlije i Osmansko carstvo, ostaje na ovim prostorima jako rasprostranjena negativna i mitska slika "Turaka" i njihovo identificiranje s Bošnjacima, koji su na taj način osuđeni na plaćanje povijesnih grijeha s kojima „doista“ nemaju, ama baš nikakve etničke srodnosti, a sve to pokazuju i mnoga genetička istraživanja, koja se u nas, tek fragmentarno i stidljivo provode, a znanstveni rezultati se čak i ne publiciraju iz ne znam kojih razloga.
Jedino, što Bošnjake s Turcima povezuje je vjera, a etnička pripadnost je različita, jer Bošnjaci pripadaju Slavenima, a Turci su ugro-finska grupa naroda po podrijetlu. Jačanjem nacionalne svijesti kod katolika i pravoslavnih u Bosni i Hercegovini, te pod utjecajem Hrvatske i Srbije, sve se više počinje za katolike upotrebljavati riječ Hrvat, a za pravoslavce Srbin. Bošnjaci su kao narod tijekom druge polovice 19. st. prošli razna imenovanje te nametanje raznih nacionalnih imena, kao npr. Bošnjaci, Muhamedanci, Jugoslaveni-muslimani, Srbi, Hrvati, muslimani, nepredljeljeni i Muslimani. Sve to bilo je zbog hegemonističkih ambicija nekih krugova u susjednim zemljama i malim, gotovo nikakvim utjecajem Bošnjaka na tadašnje političke, društvene i gospodarske prilike.
Na kraju 19. st. konačno je prevladalo bošnjačko ime za jedan od autohtonih naroda Bosne i Hercegovine, te pripadnike toga naroda izvan Bosne i Hercegovine. Dakako, danas riječ Bošnjak označava pripadnika bosanske nacije, tj. onoga koji govori bosanskim jezikom, štuje, slijedi bosansku kulturu te vodi podrijetlo od Slavena Srednjovjekovne bosanske države, koji su se tada zvali Bošnjani/Bošnjaci. Danas Bošnjaci izvorno govore nekoliko dijalekata štokavskog narječja, ponajviše novoštokavskoga ikavskog (bosansko-dalmatinski) sćakavsko ijekavskoga, kojim govore Hrvati i Bošnjaci te nenovoštokavskog ijekavskog kojima govore Bošnjaci, Crnogorci i Srbi . Političke prilike u Bosni i Hercegovini bile su krajem 19. st. dosta kaotične zbog različite propagande s različitih strana protiv imena Bošnjak, pa stoga sredinom 1891. godine Mehmed-beg Kapetanović-Ljubušak utemeljio novine "Nacionalni list Bošnjak".
Austrugarske uprava tada nije činila nikakve probleme u svezi izlaženja lista, te je prvi broj lista "Bošnjaka", izašao iz štampe 2. jula 1891. godine. U prvom broju spomenutog lista,Mehmed-beg Kapetanović, objavio je jednu zanimljivu i indikativnu pjesmu, jednog mladog i nadarenog sarajevskog gimnazijalc, a to je bio Safvet-beg Bašagić, jedan od najznamenitih Bošnjaka i prvi doktor znanosti u Bošnjaka. Pjesma je nosila naslov "Bošnjaku" ili "Od Trebinja do Brodskijeh vrata". Ovdje donosimo tekst te pjesme, koja zorno oslikava tadašnje političke i društvene prilike u Bosni i Hercegovini.
Bošnjaku
Znaš Bošnjače, nije davno bilo
Sveg' mi svijeta nema petnaest ljeta
Kad u našoj Bosni ponositoj
I junačkoj zemlji Hercegovoj
Od Trebinja do Brodskijeh vrata
Nije bilo Srba ni Hrvata
A danas se kroza svoje hire
Oba stranca ko u svome šire
Oba su nas gosta saletila
Da nam otmu najsvetije blago
Naše ime ponosno i drago
Autor: Safvet-beg Bašagić
Istaknuta i jedna od najboljih hrvatskih povjesničara dr. Nada Klaić je znanstveno utvrdila “da Bosna nikada nije bila ni hrvatska, ni srpska, a ona je od pamtivijeka pa sve do polovice 19 stoljeća, bila zemlja Bošnjaka, različitih vjera, odnosno zemlja Bosanaca, te je ona posebna i po narodu, po kulturi i po svojemu postanku“. „Međutim nekritički izvještaj Konstantina Porfirogeneta o Sklavinijama može poslužiti kao podloga za zaključke, samo onom historičaru kome nije odveć stalo do historijske istine. Spomenuti izvještaj je uglavnom iste vrijednosti, kao i Dukljaninove vijesti o vladanju hrvatskih ili srpskih vladara nad Bosnom. “Potpuno je suvišno razbijati glavu zbrajanjem godina u kojima su susjedni vladari u ranom srednjem vijeku mogli vladati Bosnom.
Oni su došli i otišli, a bosanski bi vladari ostajali, boreći se i dalje za samostalnost svoje zemlje”, napisala je hrvatska povjesničarka Nada Klaić u knjizi „Srednjovjekovna Bosna“.„To su tek povremeni izleti susjednih vladara, koji nisu niti su mogli izmijeniti stoljetni položaj bosanskih zemalja, jer su one bez Hrvata i Srba, odavno išle svojim, od njih posve odijeljenim putem.
Carevi podaci za taj posao, ne mogu biti mjerodavni, a još manje vješta konstrukcija barskog nadbiskupa, koji piše sredinom 12. stoljeća.“ Bosnom je u nekom povijesnom razdoblju privremeno zavladao neki hrvatski ili srpski vladar, ali ta činjenica nije uopće relevantna, jer je zasigurno Bosna bila samostalna država ili banovina, odnosno kraljevstvo, te samo je neko kratko vrijeme dolazila pod vlast susjednih vladara. To je veoma bitna činjenica protiv svih onih dušobrižnika, koji ne priznaju sadašnju Bosnu i Hercegovinu, a isto tako i Srednjovjekovnu bosansku državu, koja je bila jedna od najstarijih država na Balkanu.
Prof. Enver Ljubović