U petak, 16. aprila, u 5:30 ujutro, došlo je do istovremenih sukoba između HVO-a i Armije BiH u naseljima Vitez, Stari Vitez, Ahmići, Nadioci, Šantići, Pirići, Novaci, Putiš i Donja Večeriska. Tog jutra, HVO vozila blokirala su glavne ceste, a napad na Ahmiće je započeo sa tri strane kako bi se stanovništvo u bijegu usmjerilo prema jugu gdje su vojnici čekali i pucali na ljude. Male grupe od oko 5-10 vojnika išle su od kuće do kuće, palili ih, te ubijali ili tjerali mještane. Na kraju, Ahmići su teško razoreni. Ubijeno je 116 osoba, od čega su 32 bili žene a 11 djeca mlađa od 18 godina. Dvije lokalne džamije su uništene eksplozivima.
Prema Centru za ljudska prava u Zenici, od 200 bošnjačkih kuća, spaljeno je 180.
Počinioci su bili pripadnici slijedećih jedinica: Anti-teroristička bojna Vojne Policije HVO-a "Jokeri", Viteška brigada HVO-a, Vitezovi te brigada "Nikola Šubić Zrinski".
Nakon tragičnih događaja, hrvatski politički vrh pokušao je zataškati cijeli slučaj ili okriviti drugu stranu u ratu u Bosni. Dario Kordić i Tihomir Blaškić su osporavali da je HVO imao ikakve veze sa Ahmićima. Bivši hrvatski predsjednik Stjepan Mesić otkrio je mnogobrojne dokumenate i tonske zapise o planu Franje Tuđmana za napad na pojedine lokacije u Bosni i Hercegovini protiv Bošnjaka.
15. aprila 2010, novoizabrani predsjednik Hrvatske Ivo Josipović u pratnji vrhbosanskog nadbiskupa kardinala Vinka Puljića i poglavara Islamske zajednice u BiH reis-ul-uleme Mustafe Cerića, poklonio se bošnjačkim žrtvama hrvatskih zločina u Ahmićima, a zatim i hrvatskim žrtvama bošnjačkih zločina u Križančevom Selu. U Ahmićima je položio vijenac na kojem je pisalo Nevinim žrtvama, predsjednik Republike. Događaj su pratili svjetski mediji. Josipović je novinarima izjavio:
...Svi smo se ovdje ujedinili u želji da se oda počast žrtvama, da se sjetimo žrtava i kažemo nikad više...ovdje su narodi jako puno propatili i zaslužuju bolju budućnost...
